L’esame dell’espettorato si esegue per identificare i microrganismi che possono provocare affezioni a carico dei bronchi e dei polmoni quali: Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Klebsiella pneumoniae, Enterobatteri, la cui ricerca viene effettuata di routine.
Per gli altri microrganismi quali: Bordetella pertussis, Corynebacterium diphteriae, Bacillus anthracis, Legionella pneumophila, Mycobacterium tuberculosis(Bacillo di Koch) la ricerca viene eseguita solo su richiesta specifica, nel caso esista un sospetto clinico.